阿狗工具

安装MultiQC

## 安装conda

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

## 安装python2环境

conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y

conda activate python2    ##切换到python2环境

conda install multiqc

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

下载fastq文件

以SRR8073294、SRR8073207为例    ##它们比较小，下得快

EMBI-EBI    ##为啥不用NCBI，因为找不到wget下载的ftp地址, 反正一样，用EBI好啦

有ftp地址，可以直接wget；有SRA ID ，可以prefetch，但是下载了，还要用fastq_dump解压

有ftp地址，可以直接wget；有SRA ID ，可以直接prefetch，但是下载了，还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件

直接右键，复制链接，得到ftp地址，wget 超级快，批量下载fastq文件，多快乐

建了一个文件夹放下载下来的fastq文件

fastqc评价测试数据质量

建了一个文件夹放fastqc评价数据质量的结果

result文件夹

fastqc后的结果，整整齐齐

multiqc整合多个质控结果

然后在当前目录下multiqc啦，直接写multiqc .也可

没有另建文件夹放multiqc的结果，所以结果还在result下面

multiqc_report.html 可以直接在图形界面打开，也可以下载到本地，用Windows的浏览器打开查看

multiqc_data包括一些数据基本的统计和日志文档